多年前他就被人稱為：
“有國際聲望的中國青年科學家”
紹興，江南魚米之鄉，一座古老的歷史文化名城，大禹、勾踐、陸游、王羲之、秋瑾、蔡元培、魯迅、周恩來等人的名字同這座古城聯系在一起。馮長根出生在紹興一個普通工人家庭。1965年小學畢業后，讀了一年初中，趕上“文革”，1969年到紹興義道房(時稱勝利人民公社勝利大隊)插隊落戶。４年后，進浙江先鋒機械廠當了一名學徒工。
1975年，他進入北京理工大學成了一名大學生（時稱工農兵學員）。3年后，恢復高考的第二年，他以優秀成績考上了“文革”后的第一屆研究生。可以說，這段時間是馮長根一生的轉折期。
研究生上了一年，1979年10月，馮長根赴英國留學，先在蘭卡斯特大學學習語言，后進入利茲大學化學院物理化學系。在英期間，他在《英國皇家學會會刊》、《英國皇家化學會會刊》等國際著名刊物上發表學術論文14篇。1983年，馮長根完成博士論文。他在論文的最前面用中英文工整地寫上:“本論文獻給我的祖國——中華人民共和國”。年底，馮長根回到了母校——北京理工大學。這一年，他整30歲。
馮長根完成的第一部專著是《熱爆炸理論》（1988年），這本書榮獲第5屆全國優秀科技圖書一等獎。他的第二部專著《熱點火理論》（1990年），榮獲第六屆中國圖書獎二等獎。他的其他著作還有《抽樣檢驗》、《小尺寸微通道爆轟學》、英文專著《Thermal Theory of Explosion and Ignition》。
回到祖國后，馮長根在事業上大踏步前進。他的專業得到世界銀行125萬美元貸款，建立了“爆炸災害預防與控制”國家級重點實驗室，他擔任了實驗室最早的主任。他先后到美國、加拿大、日本、德國、法國、英國、芬蘭、瑞典、挪威、丹麥、葡萄牙、韓國、馬來西亞參加國際會議和學術訪問，并作為高級訪問學者在英國利茲大學和劍橋大學進行了為期半年的學術研究。
1989年，他被破格晉升為教授，1990年起成為博士生導師，是當時國內最年輕的博士生導師之一。從1990年培養第一位博士生起，至今已有42名博士生和21名碩士生畢業，6名博士后出站。其中有的人也成了博士生導師、教授(研究員)、副教授(副研究員、高工)。
馮長根教授及其學科組已在國內外發表學術論文300余篇，研究成果和著述得到國內外同行專家教授的稱贊，多年前就被人稱為“有國際聲望的中國青年科學家”。1999年至2001年馮長根教授任北京理工大學副校長。他曾任中國科協第五屆副主席、北京市科協第五屆副主席。2001年6月擔任中國科協書記處書記、黨組成員。
“問渠那得清如許，為有源頭活水來”。1989年10月1日晚，中央電視臺記者在天安門廣場現場轉播的采訪中，請馮長根教授談談尊重知識、尊重人才的體會，他談了三點感受： “首先，我所取得的成績，是黨和人民的培養以及領導和教師們辛勤培育的結果。所以，我覺得為國家做出自己的貢獻是義不容辭的。其次，在我的成長中，我遇到了很多好機會，很幸運，這些都是因為有了黨的十一屆三中全會的正確路線，有了改革開放。我能夠出國，能夠成為一名教授，這許許多多機會是和改革開放分不開的。最后，我只做了很少一點點工作，黨和人民卻給了我很多榮譽。青年人的工作和成績能夠被社會承認，我心里特別高興。希望今后有更多的青年人的工作得到社會的承認，能有更多的青年獲得脫穎而出的機會。”這三點感受是馮長根教授內心的真實寫照，顯示了他作為一名科技工作者獻身科學、為振興祖國科技事業不斷奮斗的美好愿望。