流域水環(huán)境具有不可分割的整體性，但行政區(qū)劃卻使這種整體性被打破。在經(jīng)濟(jì)利益的驅(qū)動(dòng)下，如果上游政府發(fā)展水污染項(xiàng)目，就會(huì)出現(xiàn)把稅收裝入腰包，污染物卻轉(zhuǎn)移到下一個(gè)行政區(qū)域的情況。
同樣，在進(jìn)行環(huán)保考核時(shí)，下游政府也會(huì)把責(zé)任推給上游。行政區(qū)劃誘發(fā)的地方保護(hù)主義導(dǎo)致了跨行政區(qū)水污染防治中的低效甚至無效，從而引發(fā)資源環(huán)境日趨惡化，這幾乎成了中國(guó)水污染治理的一項(xiàng)制度痼疾。
如今，難題正隨著生態(tài)補(bǔ)償制度的實(shí)施逐步破解。
2008年4月9日，云貴川藏渝等西南5省(區(qū)、市)及相鄰地區(qū)共計(jì)11個(gè)省(區(qū)、市)在四川省成都市共同簽署《西南地區(qū)及其相鄰省區(qū)市跨省流域(區(qū)域)水污染糾紛協(xié)調(diào)合作備忘錄》，嘗試建立起區(qū)域水環(huán)境安全糾紛協(xié)調(diào)機(jī)制。
很多省份也在省內(nèi)小流域或者全省范圍內(nèi)嘗試破解全流域水污染糾紛的難題。
江蘇省在太湖流域部分主要入湖河流及其上游支流開展試點(diǎn)，建立跨行政區(qū)交界斷面和入湖斷面水質(zhì)控制目標(biāo)。上游設(shè)區(qū)市出境水質(zhì)超過跨界斷面控制目標(biāo)的，由上游設(shè)區(qū)市政府對(duì)下游設(shè)區(qū)市予以資金補(bǔ)償。相比之下，我省的生態(tài)補(bǔ)償制度更為詳細(xì)和完善，力度也更大。
2008年7月，國(guó)家環(huán)境保護(hù)部專門出臺(tái)了《關(guān)于預(yù)防與處置跨省界水污染糾紛的指導(dǎo)意見》，國(guó)家層面醫(yī)治跨界水污染頑癥的努力更進(jìn)了一步。
隨著跨界水污染引起全社會(huì)的共同關(guān)注，破解的辦法也會(huì)越來越多，我們期待著生態(tài)補(bǔ)償制度能夠推廣開來，并在我省節(jié)能減排、環(huán)境改善等方面發(fā)揮更大的作用。
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