在探索流域管理體制機制的過程中，不少地方相繼建立了上下游生態資源補償機制，但這些補償僅局限于上下游或受益地區與受損地區之間的補償，最多也只能算是環保領域的內部循環。事實上，之所以存在由來已久的生態環境問題，其主要原因在于缺乏經濟發展對環境保護這種更高層面的補償機制來消除和扭轉日益增大的“環境赤字”。
人類對產品的永續需求和物質生產對自然資源與生態過程的內在依賴性，決定了可持續發展戰略的重要地位和作用。實踐證明，經濟發展必須建立在生態環境可承受的基礎之上，必須保證生態環境得到保護、改善和永續利用，才能夠支持長期的經濟發展。同時，也必須將資源再生和環境治理納入宏觀經濟系統，并通過經濟和價值的補償來保證資源環境與經濟社會的協調發展。
傳統的經濟發展之所以不能長期穩定持續進行，就在于它本身是以犧牲環境質量為代價而換取短期的高速發展，使生態環境難以“休養生息”。也就是說，經濟增長和環境保護的關系是不平衡的，只有環境單向地為經濟增長發揮基礎性作用和支撐作用，而環境保護幾乎得不到經濟增長的補助。人類已被經濟快速增長的成果所陶醉，只根據經濟增長給予的利益行事，對自然資源索求無厭，而且急不可耐，卻忽略了大自然的生態規律。這些不協調的行為，使經濟增長對環境保護的補償微乎其微。一開始也許僅僅影響環境質量的改善過程，但從長遠看，這個問題不解決，生態環境必然出現危機:支撐經濟發展的水系、土壤、森林、農田不堪重負，沒有足夠的再生能力來修復人類的活動造成的破壞，靠“超支生活”，在環境保護領域推行全盤的生態“赤字財政”。因此，經濟發展變成了只由環境保護推動經濟增長的單向運動，而不是兩者的和諧，從而導致了目前日益嚴重的環境問題。
建立經濟發展向環境保護的補償機制，就是要以經濟增長為依托，在經濟增長的份額中拿出最適宜的比例，用于反哺、修補和補償生態環境系統，最終實現兩者的和諧發展。
樹立正確的補償觀念。不能把自然環境視為需要加以征服的異己力量，而要把經濟增長和自然環境視為一個統一體，彼此協調發展。不能只向自然界索取資源，而首先要保護環境、培育資源、維護生態平衡。然后再取之有方和有限度地索取，使自然環境能永遠地向我們提供越來越多的資源和優良的環境質量。要改變傳統的單程式增長型經濟發展模式，把內涵擴展為追求一種生態經濟社會整體和諧的綜合發展模式。此外，尚未獲得補償的地區也要經得住考驗，經得起誘惑，寧可發展得慢一些，也要發展得好一些、穩一些。今天發展速度的“緩慢”換來的將是綠水青山，換來的將是環境友好的藍天白云。
建立規范制度。目前，許多地區推行的生態補償機制主要靠行政推動，經濟手段、市場機制以及法律手段等都沒能有效運用。要用法律手段固定補償的方式、渠道、數量，將資源消耗，環境污染的治理、保護和補償納入國民經濟和社會發展的核算、折舊、替代和補償體系之中，真正形成“污染者付費、利用者補償、開發者保護、破壞者恢復”的補償機制。要制訂相關的價格、稅收、財政、金融和投資政策，為資源和環境的補償開辟更多的資金來源。特別需要強調的是，對生態環境的補償不是簡單的增加投入、貨幣賠償或對環境保護的單一補貼，而應該是全方位的，包括技術、政策等各方面。首先是貨幣方式，這是一種最為簡單易行的方式，國家可以在財政支出中專門撥款用于環境保護的補償；其次是技術補償方式，將經濟領域的成熟技術向環境領域轉移；第三是知識產權方式，讓經濟、技術等領域的產權向環境領域轉移。
合理確定補償臨界點。有人認為，只有像發達資本主義國家那樣在人均GDP達到8000美元~10000美元后，才能建立起正常的補償機制，拿出足夠的資金用于環境污染治理。事實上，對環境保護進行補償，是環境保護與經濟協調發展的客觀要求，它不能簡單地以經濟價值量作為衡量指標，應以環境質量惡化、影響經濟增長的程度為界限標準。
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