2011年1月5日，農業部令[2011]第1號公布了《水產種質資源保護區管理暫行辦法》（以下簡稱《辦法》），這對于強化和規范水產種質資源保護區管理、保護重要水產種質資源及其生存環境、促進漁業可持續發展和國家生態文明建設將發揮重要作用。
水產種質資源保護區是指為保護水產種質資源及其生存環境，在具有較高經濟價值和遺傳育種價值的水產種質資源的主要生長繁育區域，依法劃定并予以特殊保護和管理的水域、灘涂及其毗鄰的島礁、陸域。近年來，針對工程建設等人類活動大量占用、破壞重要水生生物棲息地和傳統漁業水域，嚴重影響漁業可持續發展和國家生態文明建設的嚴峻形勢，我部在大力組織開展增殖放流、休漁禁漁等水生生物資源養護措施的同時，根據《漁業法》等法律法規規定和國務院《中國水生生物資源養護行動綱要》要求，自2007年起積極推進建立水產種質資源保護區，目前已審定公布四批共220處國家級水產種質資源保護區。這些保護區可保護上百種國家重點保護漁業資源及其產卵場、索餌場、越冬場、洄游通道等關鍵棲息場所10多萬平方公里，初步構建了覆蓋各海區和內陸主要江河湖泊的水產種質資源保護區網絡。劃定水產種質資源保護區是協調經濟開發與資源環境保護的有效手段，對于減少人類活動的不利影響、緩解漁業資源衰退和水域生態惡化趨勢具有重要作用，取得了良好的生態效益和社會效益。
隨著水產種質資源保護區數量增加，覆蓋范圍和影響程度不斷擴大，迫切需要制定管理辦法，進一步規范并強化保護區管理，解決目前有關法律法規規定比較原則，涉及水產種質資源保護區等重要漁業水域的部分工程建設項目不按法律規定評估、補償漁業資源損失，部分主管部門在環境影響評價過程中不依法征求或采納漁業主管部門意見等問題。為此，我部在廣泛征求意見、認真研究論證基礎上，制定了《辦法》。《辦法》明確了水產種質資源保護區的設立條件、報批程序、主管部門、管理機構和主要職責，規定了保護區內禁止或限制從事的活動，進一步完善了涉及水產種質資源保護區的工程建設項目環境影響評價程序。
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