隨著赤潮現象在世界范圍內的日趨頻繁，其危害也日益嚴重。如何治理赤潮，降低其對海洋環境、水產養殖業及人類健康的危害，已成為人們普遍關注的一個大問題。
到目前為止，國內外提出的赤潮治理方法有多種，但真正能付諸應用的卻寥寥無幾。這主要是因為要使一種方法得到認可，必須符合“高效、無毒、價廉、易得”的要求，而目前很難找出一種方法完全符合上述要求。但在水產養殖區內發生赤潮的緊急情況下，仍然有一些應急措施可以采用。
對于小型的網箱養殖，可以采用拖曳法來對付赤潮。也就是將養殖網箱從赤潮水體轉移至安全水域。這種方法簡單易行，但前提條件必須是赤潮僅在局部區域發生，而且在周圍容易找到安全的“避難區”。隔離法是另一種比較可行的應急措施。這種方法主要是通過使用一種不滲透的材料將養殖網箱與周圍的赤潮水隔離起來以降低赤潮的危害。同時應注意給網箱充氣，防止魚類缺氧。
對于大面積的赤潮治理，現在國際上公認的一種方法是撒播粘土法。粘土是一種天然礦物，具有來源豐富、成本低、無污染的優點。日本和韓國已經在海上嘗試使用了這種方法，大大降低了當年因赤潮所引起的漁業經濟損失。為了進一步提高粘土的治理效果，現在又研制出了改性粘土。改性粘土是通過改變粘土顆粒的表面性質而制備的，其治理效果比粘土高幾倍甚至幾十倍，被認為是一種很有潛力的赤潮治理方法。另外，還有人提出用生物方法治理赤潮，即通過濾食性貝類、浮游動物、藻類、細菌或病毒等捕食或殺死赤潮藻，但目前這種方法還處于實驗室研究階段，進一步的應用還有待于研究。
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