生產經營單位安全文化的結構層次從無形到有形分為3個層次，即精神層、制度層和物質層（或叫器物層）。
精神層指生產經營單位的領導和從業人員共同信守的安全基本準則、信念、安全價值觀和標準、人的安全行為規范、安全意識、安全態度、職業道德等，它是生產經營單位安全文化的核心和靈魂，是形成生產經營單位安全文化物質層和制度層的基礎和原因。
制度層是生產經營單位安全文化的中間層次，主要是指對生產經營單位從業人員和生產經營單位組織安全行為產生規范性、約束性影響的部分，如安全生產責任制、安全檢查制度、動火安全管理制度等，它主要規定了生產經營單位成員在共同的生產經營活動中所應當遵循的安全行為準則及風俗習慣。
物質層是生產經營單位安全文化的表層部分，是生產經營單位創造的器物文化，是精神層的載體，它往往能折射出生產經營單位的安全生產思想、安全管理哲學、工作作風和安全審美意識。