１１月１２日，安徽省人大環資委近日公布的一份調研報告顯示，伴隨著大量治污措施的實施，巢湖流域經濟高速發展的同時保持了湖區水質總體穩定，部分支流水體污染狀況有所好轉。但是巢湖流域水污染防治“十一五”規劃項目整體進度滯后，湖區富營養化問題依然突出。
監測數據顯示，２００９年上半年，巢湖湖區整體水質中度污染，水體呈輕度富營養狀態。其中西半湖水質重度污染，水體呈中度富營養狀態。主要超標指標為總氮、總磷。９條主要環湖河流中，南淝河、十五里河、派河和雙橋河水質重度污染，為劣Ⅴ類。
安徽省人大環資委有關負責人指出，多年來巢湖富營養化突出，在水文條件合適的情況下，仍易發生藍藻“水華”。今年９月上旬，巢湖湖區暴發局部性藍藻水華，西半湖藍藻最高達１４０平方公里。上半年，國家對巢湖流域水污染防治“十一五”規劃２００８年度執行情況進行考核，湖區１０個考核斷面中，有７個斷面的總磷或總氮指標沒有達到規劃確定的年度目標要求。
此外，巢湖流域“十一五”規劃項目建設整體進度滯后。目前，距“十一五”期末僅有一年多時間，尚有一些項目進度明顯緩慢。據了解，項目進度滯后的主要原因是資金不足。近年來，國家在巢湖污染治理上的投資支持比例相對較小，巢湖治污常常是舊賬未清，又欠新賬。如“十一五”期間，流域內共有２０個項目獲國家專項資金支持，項目總投資２５．５億元，國債補助資金累計７．２億元，其余７１．２％的項目資金需自籌。流域內除合肥、巢湖市區和個別縣外，其他各縣自籌項目資金沒有到位，地方和企業自籌資金不落實，影響項目完成率。
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