第一條 為規范水功能區的管理，加強水資源管理和保護，保障水資源的可持續利用，依據《中華人民共和國水法》等有關法律、法規，制定本辦法。

第二條 本辦法適用于全國江河、湖泊、水庫、運河、渠道等地表水體。
本辦法所稱水功能區，是指為滿足水資源合理開發和有效保護的需求，根據水資源的自然條件、功能要求、開發利用現狀，按照流域綜合規劃、水資源保護規劃和經濟社會發展要求，在相應水域按其主導功能劃定并執行相應質量標準的特定區域。
本辦法所稱水功能區劃，是指水功能區劃分工作的成果，其內容應包括水功能區名稱、范圍、現狀水質、功能及保護目標等。
　　
第三條 水功能區分為水功能一級區和水功能二級區。
水功能一級區分為保護區、緩沖區、開發利用區和保留區四類。
水功能二級區在水功能一級區劃定的開發利用區中劃分，分為飲用水源區、工業用水區、農業用水區、漁業用水區、景觀娛樂用水區、過渡區和排污控制區七類。

第四條 國務院水行政主管部門負責組織全國水功能區的劃分，并制訂《水功能區劃分技術導則》。
長江、黃河、淮河、海河、珠江、松遼、太湖七大流域管理機構（以 下簡稱流域管理機構）會同有關省、自治區、直轄市水行政主管部門負責國家確定的重要江河、湖泊以及跨省、自治區、直轄市的其他江河、湖泊的水功能一級區的劃分，并按照有關權限負責直管河段水功能二級區的劃分。
前款規定以外的水功能二級區和其他江河、湖泊等地表水體的水功能區，由縣級以上地方人民政府水行政主管部門組織劃分。

第五條
長江、黃河、淮河、海河、珠江、松遼、太湖七大流域以及跨省、自治區、直轄市的其他江河、湖泊的水功能區劃，由國務院水行政主管部門審核后，編制形成全國水功能區劃，經征求國務院有關部門和有關省、自治區、直轄市人民政府意見后報國務院批準。
縣級以上地方人民政府水行政主管部門，應在上一級水功能區劃的基礎上組織編制本地區的水功能區劃，經征求同級人民政府有關部門意見后，報同級人民政府批準，并報上一級水行政主管部門備案。

第六條 經批準的水功能區劃是水資源開發、利用和保護的依據。
水功能區劃經批準后不得擅自變更。社會經濟條件和水資源開發利用條件發生重大變化，需要對水功能區劃進行調整時，縣級以上人民政府水行政主管部門應組織科學論證，提出水功能區劃調整方案，報原批準機關審查批準。

第七條 國務院水行政主管部門對全國水功能區實施統一監督管理。
縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構按各自管轄范圍及管理權限，對水功能區進行監督管理。具體范圍及權限的劃分由國務院水行政主管部門另行規定。
取水許可管理、河道管理范圍內建設項目管理、入河排污口管理等法律法規已明確的行政審批事項，縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構應結合水功能區的要求，按照現行審批權限劃分的有關規定分別進行管理。
第八條
經批準的水功能區劃應向社會公告。縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構應按管轄范圍在水功能區的邊界設立明顯標志。標志式樣由國務院水行政主管部門統一制定，并負責監制。

第九條 水功能區的管理應執行水功能區劃確定的保護目標。
保護區禁止進行不利于功能保護的活動，同時應遵守現行法律法規的規定。
保留區作為今后開發利用預留的水域，原則上應維持現狀。
在緩沖區內進行對水資源的質和量有較大影響的活動，必須按有關規定，經有管轄權的水行政主管部門或流域管理機構批準。
開發利用活動，不得影響開發利用區及相鄰水功能區的使用功能。具體水質目標按水功能二級區劃分類分別執行相應的水質標準。

第十條 國務院水行政主管部門定期對水功能區的水資源開發利用狀況、水資源保護情況進行檢查和考核，并公布結果。

第十一條
縣級以上地方人民政府水行政主管部門或流域管理機構應當按照水功能區對水質的要求和水體的自然凈化能力，審核該水域的納污能力，向環境保護行政主管部門提出該水域的限制排污總量意見，同時抄報同級人民政府和上級水行政主管部門。
經審定的水域納污能力和限制排污總量意見是縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構對水資源保護實施監督管理以及協同環境保護行政主管部門對水污染防治實施監督管理的基本依據。

第十二條
縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構應組織對水功能區的水量、水質狀況進行統一監測，建立水功能區管理信息系統，并定期公布水功能區質量狀況。發現重點污染物排放總量超過控制指標的，或者水功能區水質未達到要求的，應當及時報告有關人民政府采取治理措施，并向環境保護行政主管部門通報。

第十三條
新建、改建、擴建的建設項目，進行可能對水功能區有影響的取水、河道管理范圍內建設等活動的，建設單位在向有管轄權的水行政主管部門或流域管理機構提交的水資源論證報告書或申請文件中，應分析建設項目施工和運行期間對水功能區水質、水量的影響。

第十四條
縣級以上地方人民政府水行政主管部門或流域管理機構應對水功能區內已經設置的入河排污口情況進行調查。入河排污口設置單位，應向有管轄權的水行政主管部門或流域管理機構登記。水行政主管部門或流域管理機構應按照水功能區保護目標和水資源保護規劃要求，編制入河排污口整治規劃，并組織實施。
新建、改建或者擴大入河排污口的，排污口設置單位應征得有管轄權的水行政主管部門或流域管理機構同意。

第十五條
縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構應當按照有關規定對進行取水、河道管理范圍內建設、以及新建、改建或者擴大入河排污口的單位進行現場檢查。被檢查單位應當如實反映情況，并提供必要的資料。檢查機關有責任為被檢查單位保守技術秘密和業務秘密。

第十六條
縣級以上地方人民政府水行政主管部門或流域管理機構的工作人員在水功能區管理工作中玩忽職守、濫用職權、徇私舞弊的，由其所在單位或者上級機關給予行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。

第十七條 各省、自治區、直轄市人民政府水行政主管部門和流域管理機構，可以根據本辦法的規定，結合本地區或本流域的實際情況，制定具體實施細則。

第十八條 本辦法由國務院水行政主管部門負責解釋。

第十九條 本辦法自2003年7月1日起施行。