農業轉基因生物安全評價管理分為實驗研究、中間試驗、環境釋放、生產性試驗和申請領取安全證書五個階段。其中，安全等級為Ⅲ、Ⅳ的實驗研究和所有安全等級的中間試驗實行報告制管理；環境釋放、生產性試驗和申請領取安全證書階段實行審批制管理。

　 農業轉基因生物安全管理辦公室每年組織兩次農業轉基因生物安全評審。第一次受理申請的截止日期為每年的3月31日，第二次受理申請的截止日期為每年的9月30日。農業轉基因生物安全管理辦公室自收到申請之日起兩個月內，做出受理或者不予受理的答復；在受理截止日期后三個月內農業部做出批復。

　 一、報告制管理程序

　 （一）擬從事安全等級為Ⅲ、Ⅳ級的實驗研究和所有安全等級的中間試驗的單位，應填寫農業轉基因生物安全評價報告書，并準備相應的技術資料。

　 （二）報告單位的農業轉基因生物安全小組對本單位農業轉基因生物安全評價報告書及技術資料進行技術審核，填寫審核意見后，由報告單位報農業轉基因生物安全管理辦公室。

　 （三）農業轉基因生物安全管理辦公室進行初步審查、備案并向國家農業轉基因生物安全委員會（簡稱安委會）報告、咨詢，書面反饋意見。

　 （四）報告單位的農業轉基因生物安全小組，每年12月31日前要向農業轉基因生物安全管理辦公室報告安全管理的執行情況。

　 二、審批管理程序

　 （一）擬申請環境釋放、生產性試驗和申請領取安全證書的單位，須填寫農業轉基因生物安全評價申報書，并準備相應的技術資料。

　 （二）申報單位的農業轉基因生物安全小組對本單位農業轉基因生物安全評價申報書及技術資料進行技術審查，填寫審查意見，報實施所在省（市、自治區）農業行政主管部門審核。

　 （三）實施所在省（市、自治區）農業行政主管部門，自收到申請后的15個工作日內對農業轉基因生物安全評價申報書進行登記和審核。主要審查試驗地點基本情況是否真實，采取安全控制措施的可能性，并填寫審核意見。

　 （四）申報單位向農業轉基因生物安全管理辦公室提出申請，農業轉基因生物安全管理辦公室自收到申請之日起兩個月內做出受理或者不予受理的答復。

　 （五）農業部組織安委會進行安全評價。農業轉基因生物安全審批書或安全證書由主管部長簽發，抄送批準進行環境釋放、生產性試驗和安全證書使用的所在省（市、自治區）農業行政主管部門。

　 （六）申報單位在取得農業轉基因生物安全證書后，才能依照有關法律法規的規定，辦理轉基因植物種子、種畜禽、水產苗種和利用農業轉基因生物生產的或者含有農業轉基因生物成份的種子、種畜禽、水產種苗、農藥、獸藥、肥料、添加劑等審定、登記、審批相關手續。

　 （七）生產、經營轉基因植物種子、種畜禽、水產苗種，要分別取得農業部頒發的生產許可證和經營許可證，并定期向所在地縣級人民政府農業行政主管部門提供有關生產、經營情況的報告。