環境管理體系審核的依據可以歸納為以下三條：
①ISO14001
ISO14001是環境管理體系的規范性標準，作為審核的依據之一是必須的。因此要建立環境管理體系，必須以ISO14001作為審核依據。
②環境管理手冊、程序文件及其它相關環境管理體系文件
環境管理手冊和程序文件是組織根據ISO14001的要求編制的。它對組織的環境管理體系的實施提供強制性指令和具體操作運行指導。一旦發布就是組織的內部環境管理法規。
③適用于組織的環境法律、法規和其它要求
ISO14001強調對環境法律、法規遵守的承諾，因此適用于組織的法律、法規和其它要求也必須作為審核依據之一，因為它在環境管理上占有十分重要的地位。這里的其它要求可以是相關的各種標準，排污許可證上的要求或相關方提出的要求等。